Другой источник удачи тамплиеров — вступление на престол в 1198 году Папы Иннокентия III, сильного и влиятельного руководителя, правившего в течение 18 лет. Он проявил железную волю, чтобы сделать Церковь главой теократической феодальной иерархии, в рамках которой христианские короли по собственной воле подчинялись власти Папы. Иннокентий III активно защищал тамплиеров. Он напоминал епископам о привилегиях, дарованных храмовникам в прошлом: освобождении от налогов, финансовой и религиозной независимости. Однако Иннокентий III жестко управлял и тамплиерами; в своем письме от 1207 года он укорял их в гордыне и жадности, а также в том, что они злоупотребляют получаемыми пожертвованиями. Он критиковал практику принятия в члены ордена и захоронения за деньги отлученной от Церкви знати. Иннокентий III приказывал храмовникам провести внутреннюю реформу. Тамплиеры стали личной армией Папы, армией Христа, с помощью которой Папа мог осуществить собственную волю и достичь своих целей. Среди них были освобождение Иерусалима и уничтожение катаров в Европе.

В 1202 году он стал проповедовать Четвертый крестовый поход, слава которого должна была сравняться со славой Первого. Египет был первой целью; Иннокентий III надеялся избежать того, что считал ошибками, допущенными во Втором крестовом походе, когда многочисленные армии столкнулись с языковыми барьерами, а борьба между заносчивыми королями обрекла усилия христиан на неудачу. Армию Четвертого крестового похода возглавляли представители различных знатных родов, считавшихся преданными Иннокентию III. Ими руководил Бонифаций Монферратский, брат Конрада. Тамплиеры помогли деньгами европейцам, отправившимся на иосток. Согласно плану, палестинские храмовники должны были встретить крестоносцев в Египте и объединиться с ними, собрав единую христианскую армию. Но этому не суждено было случиться.

Венецианские купцы должны были предоставить корабли, все необходимое для перевозки и годовой запас провианта. Крестоносцы не знали, что венецианцы одновременно заключили торговое соглашение с египетским султаном, пообещав ему, что ни один европеец не ступит на территорию Египта. Венецианцы потребовали от крестоносцев платы за их услуги, которая превышала доступные средства всех вместе взятых руководителей 30-тысячной армии. Тогда дож предложил сделку: если крестоносцы захватят далматинский порт Задар и отдадут его венецианцам, то те, в свою очередь, простят им долг. Хотя Задар был христианским городом, крестоносцы согласились и через пять дней отдали город венецианцам. Иннокентий III был оскорблен пролитием христианской крови и отлучил от Церкви как Венецию, так и всю армию крестоносцев. Позже, поняв, что армия действовала не по своей воле, он снял с нее отлучение.

Затем дож Венеции Энрико Дандоло, который питал давнюю ненависть к Константинополю, предложил крестоносцам захватить столицу Византии. Они могли уничтожить византийскую ересь и объединить все христианство под руководством Папы, одновременно отомстив Византии за предательство во Втором крестовом походе и воспользовавшись богатствами Константинополя, чтобы уплатить долг Венеции. Лидеры крестоносцев согласились и в 1204 году напали на Константинополь. Последовали массовые грабежи и мародерство, неизбежно сопровождавшиеся пьянством, святотатством, убийствами и насилием. Тысячи жителей были убиты, мечта Иннокентия об объединенном христианстве была уничтожена. Четвертый крестовый поход изжил сам себя, даже не достигнув Святой Земли. Созданное франками в результате Четвертого крестового похода Латинское королевство через 60 лет снова попало в руки греков.

Многие одобрили открытие фронтов кампании в Византии и на Кипре, считая их новым полем деятельности для рыцарей. Теперь те, кто искал почестей, возможности разбогатеть и искупить грехи, сражаясь во славу Божью, но избегал трудностей путешествия в далекую и чуждую по культуре Палестину, значительно облегчал свое бремя. В результате, с начала XIII века военные ордена оказывали Святой Земле только моральную поддержку.