В ноябре 2009 одновременно с выпуском Assassin's Creed II вышла в свет французская графическая новелла. В ней был представлен новый герой – римский ассасин по имени Aquilus («aquil» в переводе с латинского означает «орел»). Однако больше внимания его истории было уделено в следующем томе, релиз которого состоялся 12 ноября 2010 года.

Следует отметить, что французская новелла во многом отходит от канона, что дает основание называть эту серию «альтернативным развитием» событий игры. В частности, в начале первого тома представлена сцена побега Объекта 16 из психиатрической больницы, хотя в игре утверждается, что Объект 16 мертв. В новелле также упоминается артефакт Анкх (вероятно, одна из Частиц Эдема), который способен воскрешать людей на короткое время, хотя в игре он ни разу не появлялся. Таким образом, другие события, обозначенные в новелле, а также новые персонажи, не относятся к оригинальной серии игр.

Французская графическая новелла Assassin's Creed получила продолжение, и одновременно с релизом Assassin's Creed Revelations и Assassin's Creed 3 в продажу поступили соответственно третий и четвертый том, которые представили совершенно новых героев альтернативной вселенной - варвара Аксипетра и его потомка Джонатана Хоука.

Том 1. Дезмонд
Почему Дезмонд Майлз заключен в секретной научной лаборатории? Кто эти странные ученые, которые проводят над ним эксперименты? Какой секрет содержит его генетическая память? Зачем копаться в прошлом его предка, который состоял в Ордене Ассасинов? Знают ли ученые, что пробуждать воспоминания истинного ассасина опасно?

  

Том 2. Аквилус
Дезмонд присоединяется к ассасинам, вместе с ними он начинает поиск загадочного артефакта. Чтобы отыскать его, Дезмонд должен окунуться в прошлое своего предка, римского ассасина Аквилуса. В этот раз Дезмонд столкнется с опасностями и предательством, а также узнает, что прошлое может дать ему гораздо больше, чем можно представить.

  

Том 3. Аксипетр
Аквилус жаждет отомстить за смерть своего отца, а также вернуть украденный артефакт Анкх. По следам убийц он отправляется в Рим. Несколько веков спустя, варвары, возглавляемые Ассасином Аксипетром, вот-вот начнут атаку на Италию... Дезмонд, путешествуя по памяти своих предшественников, продолжает обучение. Вскоре ему придется столкнуться не только с новыми врагами, но и с сюрпризами, приготовленными для него предками.

  

Том 4. Хоук
Джонатан Хоук, член Братства Ассасинов берется за "Дело 24", от которого отказался Дезмонд Майлз - обнаружить Частицу Эдема №24. Вместе со своим предком из прошлого Эль-Какром Хоук ведет расследование в Египте 1257 года. Однако Тамплиеров тоже интересует этот древний артефакт.

  

Том 5. Эль-Какр
Assassin's Creed: El Cakr - вторая книга трилогии, представляющая нового ассасина по имени Хоук. Пока Джонатан, преемник Дезмонда Майлза, пытается отыскать предателя, его предок Эль-Какр старается помешать планам Тамплиеров завладеть Скипетром Исиды. В беспокойном Египте, выведенном из стабильности смертью султана Ан-Насир Мухаммада, скипетр богини является весьма ценным оружием, поскольку наделяет его владельца невиданной силой. Тем временем в Абстерго Тамплиеры обнаружили молодого человека, чьи генетические особенности представляют новую угрозу Ассасинам.

  

Том 6. Лейла
14 век, Египет. Отважный ассасин Эль-Какр стремится вернуть таинственный Скипетр Исиды Братству... после того, как он был украден не менее таинственной женщиной по имени Лейла. Семь веков спустя, потомок Эль-Какра Джонатан Хоук отчаянно пытается заполучить в свои руки реликвию — это приводит к решающей схватке между ассасинами и тамплиерами. Грандиозный финал египетской саги Assassin's Creed!